邻居占用公共区域，即使对方有产权证，业主仍然可以对抗。以下是处理此类问题的建议步骤：

1. 友好协商：首先尝试与邻居友好协商，说明情况并要求其恢复原状。协商时最好有物业人员或社区工作人员在场见证。

2. 向物业或管理部门反映：如果协商无果，可以向物业或管理部门反映情况，请求调解。物业有权对业主擅自占用公共区域的行为进行处理。

3. 申请政府部门调解：若物业或管理部门无法解决问题，可以向当地街道办、居委会或住建部门反映情况，申请调解。调解过程中需提供产权证明、现场照片等证据材料。

4. 提起诉讼：若调解仍不能解决问题，可以向人民法院提起诉讼。诉讼前建议做好证据保全工作，比如通过公证处对现场状况进行证据固定。胜诉后对方拒不执行的，可申请法院强制执行。

公共区域属于全体业主共有，邻居单方面霸占即侵犯他人共有权，依据《中华人民共和国物权法》第七十三条和《物业管理条例》第五十条，业主有权依法维护自身及其他业主对公共区域的合法权益。因此，即使对方有产权证，也不能对抗其他业主对公共区域的共有权。