邻居院内厕所棚过高可能影响到您的合法权益，您可以采取以下几种方式进行维权：

1. 友好协商：首先，您可以尝试与邻居进行友好沟通，说明其厕所棚过高对您家造成的影响，要求对方采取措施解决，比如降低高度。协商是解决纠纷最快捷的方式之一。

2. 收集证据：如果沟通无果，您需要收集好邻居厕所棚过高及对您家产生影响的证据，如照片、视频或专业检测数据等。缺乏证据可能导致投诉或诉讼时难以证明邻居违规及对自身的影响。

3. 向相关部门投诉：根据具体情况，您可以向当地自然、城乡规划部门或乡镇人民政府投诉。例如，若邻居厕所棚超高未取得合法建房审批，可向当地自然；若已取得审批但超审批高度，可向城乡规划部门投诉；若位于农村地区且涉及宅基地违规，可向乡镇人民政府投诉。

4. 法律途径解决：若上述方法均无法解决问题，您可以考虑通过法律途径解决，向法院起诉要求邻居排除妨碍、恢复原状等，维护自身合法权益。但需要注意的是，主张邻居停止违规建设、恢复原状等权利的时效，一般是知道或应当知道权益被侵害之日起两年内。

请注意，处理此类问题时，应避免自行拆除或破坏邻居房屋，这属于违法行为，可能引发民事赔偿甚至刑事责任。同时，避免采取过激行为，以免激化矛盾或承担法律责任。